Theo kế hoạch, toàn bộ quá trình bồi thường, giải phóng mặt bằng sẽ được triển khai theo 2 hợp phần, gồm giải phóng mặt bằng tuyến chính và đầu tư các khu tái định cư, nhằm bảo đảm tiến độ đồng bộ, tránh tình trạng chậm trễ do thiếu quỹ đất bố trí cho người dân.

Đối với tuyến chính, các ban quản lý dự án của tỉnh sẽ thực hiện công tác giải phóng mặt bằng trong giai đoạn 2026 - 2028, căn cứ vào hồ sơ thiết kế và mốc giải phóng mặt bằng do cơ quan có thẩm quyền bàn giao.
Trong giai đoạn 2026 - 2027, địa phương sẽ tập trung kiểm đếm, lập, thẩm định và phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ, tái định cư trên toàn tuyến, đồng thời triển khai kế hoạch di dời các công trình hạ tầng kỹ thuật bị ảnh hưởng.
Bước sang giai đoạn 2027 - 2028, Khánh Hòa sẽ tiến hành chi trả tiền bồi thường, thu hồi đất, di dời hạ tầng kỹ thuật và bàn giao mặt bằng theo từng đoạn, phù hợp với tiến độ thi công. Mục tiêu của tỉnh là cơ bản hoàn thành giải phóng mặt bằng tuyến chính trước quý IV/2028.
Riêng với các khu tái định cư, tỉnh sẽ đẩy nhanh công tác bồi thường và giải phóng mặt bằng ngay từ đầu, phấn đấu hoàn thành cơ bản trong năm 2026 để triển khai xây dựng. Hạ tầng kỹ thuật thiết yếu cũng sẽ được hoàn thiện trước khi thu hồi đất của các hộ dân thuộc diện phải di dời.
UBND tỉnh giao Sở Xây dựng làm đầu mối phối hợp với các địa phương có tuyến đường sắt đi qua, Bộ Xây dựng và chủ đầu tư để triển khai các nhiệm vụ liên quan, đồng thời hoàn thiện kịp thời hồ sơ, thủ tục phục vụ công tác giải phóng mặt bằng.
Bên cạnh đó, Sở Nông nghiệp và Môi trường sẽ hướng dẫn, tháo gỡ các vướng mắc về đất đai, chính sách bồi thường, hỗ trợ và tái định cư, đồng thời tham mưu tăng cường quản lý đất đai phục vụ dự án.
Các ban quản lý dự án của tỉnh được giao làm chủ đầu tư xây dựng các khu tái định cư, thực hiện di dời hạ tầng kỹ thuật và giải phóng mặt bằng, phối hợp cùng Ban Quản lý dự án Thăng Long và các đơn vị liên quan để bảo đảm chất lượng cũng như tiến độ của dự án.